Yazarlar
Yayınlar
- Yüksek Lisans TeziAçık Erişim2024Şavak Akkaraman koyunlarında mastitise dirençle ilgili LAP3, MASP2 ve SIRT1 genlerinin moleküler analizi
Gamze Dalğa
Koyunlar, dünya genelindeki tarımsal endüstrilerde et, süt ve yün üretimi için besi hayvanı olarak kullanılan geviş getiren memelilerdir. Genetik ve genomik bilgiler, büyüme hızı, et, süt, yün verimi ve hastalık direnci de dahil olmak üzere birçok üretim özelliklerini iyileştirmek için kullanılabilir. Ancak koyun genomundaki genlerin fonksiyonları hakkında önemli bilgiler hala eksiktir. Mastitis, büyük ekonomik kayıplara yol açan, hayvanın refahını etkileyen, süt koyunlarındaki en yaygın hastalıklardan birisidir. Hijyenik veya daha farklı yöntemler uygulanmasına rağmen hastalık tüm süt koyunu üretim sistemlerinde devam etmektedir. Genetik yaklaşımların çiftlik hayvanlarında sağlıkla ilgili özelliklerin ıslahında önemli katkılar sağlayacağı düşünülmektedir. Bu açıdan, bu tez çalışmasında, LAP3-intron-12, LAP3-ekzon-13, MASP2-ekzon-11, MASP2-ekzon-2&3 ve SIRT1-promotor gen bölgeleri polimorfizmleri Şavak Akkaraman koyun ırkında belirlenmiştir. Genomik DNA 150 baş Şavak Akkaraman koyun ırkına ait kan numunelerinden elde edilmiştir. Hedef gen bölgeleri için tüm örnekler, TasI, HindII, NmuCI, PstI, TaqI, HhaI, BstUI, BsrDI, BsrI, BsaJI, VspI, SmaI enzimleri kullanılarak Polimeraz Zincir Reaksiyon-Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizm yöntemi ile genotiplendirilmiştir. LAP3-intron-12 bölgesi en yüksek heterozigotluğu sergilemiş ve orta düzeyde genetik çeşitliliğe sahip alellerin (C ve T) dengeli bir dağılımını ortaya koymuştur. LAP3-ekzon-13 tam homozigotluk göstererek genetik çeşitlilik olmadığını göstermiştir. MASP2-ekzon-11, AA genotipinin baskın olduğu yüksek genetik çeşitlilik sergilemiştir. MASP2-ekzon-2&3, çoğunluğu TT genotipine sahip olmak üzere orta düzeyde genetik çeşitlilik göstermiştir. SIRT1-promoteri orta düzeyde heterozigotluk sergilemiş ve bir C>G SNP lokusu polimorfik modeller ortaya koymuştur. Hardy-Weinberg Denge analizi, LAP3-intron-12 ve MASP2-ekzon-11 için sapmalar göstermiş, bu da rastgele olmayan çiftleşme veya genetik sürüklenmenin potansiyel etkilerini düşündürmüştür. Şavak Akkaraman koyunlarında genotipler ve süt verimi arasındaki korelasyon analizleri, LAP3-intron-12 CC genotipi ve daha yüksek süt üretimi için önemli pozitif ilişkiler ortaya koyarken, MASP2-ekzon-11 BB genotipi daha düşük süt verimi ile önemli bir negatif korelasyon göstermiştir. Bu bulgular, Şavak Akkaraman koyunlarında süt üretim özelliklerinin genetik temeline ilişkin bilgiler sağlamaktadır.
- Yüksek Lisans TeziAçık Erişim2022Tunceli'de yayılış gösteren ruminant hayvanlardaki anaerobik fungusların moleküler tanımlanması
Murat Üstüntaş
Anaerobik Gut Funguslar (AGF) herbivor hayvanların sindirim kanalının bir parçası olan rumen içerisinde bulunan mikroorganizmalar arasında sahip olduğu fibrolitik enzim aktivitesi ve biyoteknolojik potansiyeli oldukça yüksek bazı enzimlerinden dolayı oldukça önemli bir gruptur. Aynı zamanda AGF'ların zorunlu anaerobik özelliği bu mikroorganizmaların kültüre alınma çalışmalarını da değerli olduğunu göstermiştir. Günümüzde AGF'ların cins düzeyinde yeni keşifleri devam ederken bu mikroorganizmaların bazı endsüstriyel alanlarda da çalışma sahaları genişlemektedir. Bu çalışmada Türkiye'de bulunan kültür koleksiyonuna ek olarak bugüne kadar çalışmamış bazı coğrafi bölgelerden olan Tunceli iline ait kırsal alanlardan elde edilen rumen dışkı örneklerinden AGF izolasyonu ve tanımlanması yapılmıştır. Bu tanımlama işlemi hem morfolojik hem de moleküler düzeyde gerçekleştirilmiştir. Moleküler düzeyde tanımlama yapılırken bu mikroorganizmaların internal transcribed spacer (ITS) bölgesi tercih edilmiştir. Elde edilen ITS agaroz jel görüntülemesinden sonra polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ürünlerinin dizi analizi yapılmıştır.Sekans analizi ve morfolojik gözlemler sonucu AGF'ların MUBAM_AGF 1,2,3,4,5,6,11 ve 12 stok numarası verilerekNeocallimastix sp.,MUBAM_AGF 7,8 ve 10 stok numaralı Orpinomyces sp. ve MUBAM_AGF 9 stok numarası verilerek kültüre alınmıştır. Sonuç olarak Tunceli bölgesinde ilk defa yapılan bu çalışma ile hem fungus kültür koleksiyonu hem de bu canlılarla ait DNA kütüphanesi oluşturulmuştur.