Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları
Yayınlar
- MakaleAçık Erişim2026Phylogenetic Analysis of Native Salmo Species in Türkiye Using Mitochondrial 12S rDNA, 16S rDNA, Cytochrome b Sequences, and Cytogenetics
Yazdıç, Ferit Can; Kar, Bülent; Karaman, Altuğ
In this study, phylogenetic relationships and genetic diversity of Salmo spp. populations in different water bodies in Türkiye were investigated, focusing on morphologically similar specimens to Salmo macrostigma. Significant genetic variability and evolutionary differentiation within these populations have been identified using mitochondrial regions sequences (12S rDNA, 16S rDNA, and Cyt-b), morphological observations, and cytogenetic analysis. Samples collected from eight river basins revealed three main phylogenetic clades and local adaptations influenced by ecological pressures. Cytogenetic findings showed that they have chromosome numbers ranging from 78 to 80 (2n), consistent with known Salmo species. For this purpose, three mitochondrial DNA fragments encoding 12S rDNA, 16S rDNA, and Cyt-b regions were amplified by PCR, sequenced, and then used for phylogenetic analysis of the studied species. The study revealed the need for comprehensive integrative taxonomic approaches to clarify the classification of Salmo spp. with critical implications for conservation strategies in Türkiye biodiversity hotspots. In conclusion, this study not only advances our knowledge of Salmo macrostigma or similar Salmo spp., but also suggests innovative approaches for future Salmonid phylogenetics and cytogenetics studies. The findings have important implications for understanding the evolution, taxonomy, and conservation of these economically and ecologically important fish.
- MakaleAçık Erişim2026Tunceli tarım arazilerinden elde edilen bacillus licheniformis'in antimikrobiyal özellikleri
Yazdıç, Ferit Can; Kar, Bülent; Karaman, Altuğ; Yücel, Halit; Araka, Özlem
Bu çalışmada, Türkiye Tunceli'deki tarım topraklarından izole edilen Bacillus licheniformis suşlarının antimikrobiyal potansiyelleri araştırılmıştır. Toprak örnekleri minimal olarak bozulmuş alanlardan toplanmış ve bakteri suşları morfolojik, biyokimyasal ve moleküler tanımlama yöntemleri kullanılarak izole edilmiştir. İzolatlar, 16S rDNA dizilemesi ve filogenetik analiz yoluyla Bacillus licheniformis oldukları başarılı bir şekilde doğrulanmıştır. Antimikrobiyal sekonder metabolitlerin üretimi, izolatların farklı karbon kaynaklarıyla (sükroz, glikoz ve fruktoz) kültürlenmesi ve disk difüzyon yöntemi kullanılarak Escherichia coli (ATCC 25922) ve Staphylococcus aureus'a (ATCC 25923) karşı aktivitelerinin test edilmesiyle değerlendirilmiştir. Sonuçlar, özellikle Escherichia coli'ye karşı antimikrobiyal aktiviteyi artırmak için en etkili karbon kaynağının sükroz olduğu belirlenmiştir. Antibakteriyel aktivite genellikle daha uzun inkübasyon süreleriyle artmıştır. Bu araştırma, Bacillus licheniformis'in antibakteriyel madde kaynağı olarak potansiyelini vurgulamaktadır. Patojenlerin biyolojik kontrolü için tarımdaki uygulamalarda kullanılması için çevre dostu bir alternatif sunmaktadır. Sonuç olarak, bu çalışmanın bulguları Bacillus licheniformis'in antimikrobiyal özellikleri hakkında bilgilere katkıda bulunmaktadır. Karbon kaynağındaki kullanılabilirliği ve metabolit üretimini etkileyen faktörleri anlamak, Bacillus licheniformis'in antimikrobiyal potansiyelinden yararlanmak için önemlidir.
- MakaleAçık Erişim2026Scopus SJRQ2Occurrence of Antimicrobial Resistance in Kocuria rhizophila Bacteria Isolated From Salmo munzuricus (Teleostei: Salmonidae) Samples in Natural Resources
Kar, Bülent
Global warming and environmental pollution trigger the emergence of antimicrobial-resistant (AMR) opportunistic pathogens in the aquatic microflora. This study aimed to determine the characterization and AMR profile of the opportunistic pathogen Kocuria rhizophila isolated from the tissues of Salmo munzuricus (Munzur trout), an endemic species. Samples collected from the Munzur River were identified using morphological and molecular (16S rDNA) methods; bacterial isolates were characterized by MALDI-TOF and sequencing. The resistance status against 11 different antibiotics was analyzed with the Kirby-Bauer method. The findings revealed that the isolates (with 99.51% accuracy as K. rhizophila) showed full resistance to Penicillin G (p < 0.01) and were moderately sensitive to gentamicin and tetracycline. High sensitivity to amoxicillin and ampicillin was detected. These findings demonstrate that even in natural environments, the fish microbiome in wild endemic populations can be susceptible to the development of AMR in response to environmental changes. Therefore, determining the resistance of opportunistic pathogens in wild fish species such as Salmo munzuricus to different classes of antibiotics and studying their spread is extremely important for natural ecosystems.
- MakaleAçık Erişim2025Molecular Identification of Anaerobic Gut Fungi Isolated from Mountain Goats
Kar, Bülent; Elinç, Cemal
Anaerobic Gut Fungi (AGF) are found in the Neocallimastigomycota phylum, and it is known that these fungi play an important role, especially in the digestive system of herbivores, as they are the main colonies in the consumption of feed. AGFs provide digestion by breaking down plant tissues with the help of lignocellulosic enzymes they secrete. These enzymes have also been used in the food and feed industry in recent years. In this respect, fungi isolated and identified from different ruminant animals are valuable. In this study, fungi were isolated from mountain goats living in the wild in the Tunceli region and identified morphologically and molecularly. The ITS region of ap-proximately 1500 bp was used in molecular identification. It was determined that 9 isolated fungi belonged to the genera Orpinomyces sp. (AGF-5), Feramyces sp. (AGF-8,10) and Neocallimastix sp. (AGF-1,2,3,4,7,11). Further studies are needed to determine the microbial population in wild ruminant animals.
AtıfOpenAlex1
İncele - MakaleAçık Erişim2024Tunceli Yöresindeki At Dışkısı Örneklerinden İzole Edilen Anaerobik Gut Funguslarının (Piromyces spp.) Saf Kültürdeki Fibrolitik Aktiviteleri ve Moleküler Tanımlanması
Kar, Bülent
Bu çalışma, Türkiye'nin Tunceli ilindeki at dışkılarından anaerobik gut funguslarının (AGF) izolasyonu, karakterizasyonu ve enzim özelliklerine odaklanmaktadır. At dışkısından Piromyces cinsine ait iki izolat MUBAM_F1 ve MUBAM_F2, morfolojik ve moleküler teknikler kullanılarak izole edilmiş ve kısmen tanımlanmıştır. ITS bölgesinin Blast analizi, her iki izolatında Piromyces cinsi içerisinde bir tür olduğu doğrulamıştır (sırasıyla %98.24 ve %98.87 benzerlik). Enzimatik analizler, her iki izolat için de önemli ksilanaz ve karboksimetil selülaz aktivitesinin olduğunu göstermiştir. MUBAM_F1, toplam 47.13±0.10 µmol/dak/ml (spesifik aktivite: 2153.93 µmol/dak/mg protein) ksilanaz aktivitesi gösterirken, toplam 35.56 µmol/dak/ml (spesifik aktivite: 1626.52 µmol/dak/mg protein) karboksimetil selülaz aktivitesi göstermiştir. MUBAM_F2, 57.53±0.08 µmol/dak/ml'de daha yüksek toplam ksilanaz aktivitesi göstermiş (spesifik aktivite: 2630.11 µmol/dak/mg protein) ancak 23.93±1.41 µmol/dak/ml'de daha düşük karboksimetil selülaz aktivitesine (spesifik aktivite: 1098.66 µmol/dak/mg protein) sahip olduğu belirlenmiştir. Çalışmada elde edilen veriler, Piromyces sp. MUBAM_F1 ve MUBAM_F2'nin ksilanaz ve kar-boksimetil selülaz enzimlerinin umut vadeden kaynakları olduğunu göstermektedir.
AtıfOpenAlex1İncele - MakaleYalnız künye2023Scopus SJRQ2Isolation, morphological identification, and xylanase characteristics of anaerobic gut fungi Neocallimastix from Anatolian wild goat
Kar, Bülent; Torcan, Berat
This study shows the morphological identification of anaerobic fungal strains isolated from fecal samples of goats inhabiting Turkey and the effects of various metal ions and chemicals on extracellular xylanase production. Three different anaerobic gut fungi isolated from wild goats in Turkey were identified as Neocallimastix spp. xylanase, cellulase, and lichenase production were tested in culture supernatants, and the maximum-specific activities were found as 560.42 ± 9.39, 159.70 ± 3.88, and 157.36 ± 3.83 (μmol/min/mg protein), respectively. While the optimum temperature range of exo-xylanases was found as 40–50°C, their optimum pH range was determined as 6.0–6.5. Xylanase activity decreased in metal ions and other chemical reactants based on dose. The metal ion that significantly inhibited xylanase activity was Fe+3. It was found that the ferric ions inhibited xylanase activity in all three anaerobic gut fungi by 30%–90% depending on molarity. On the contrary, the 1 mM concentrations of the Mn+2, Ba+2, Co+2, Cu+2, Sn+2, and Mg+2 metal ions and the ethylenediaminetetraacetic acid and β-mercaptoethanol reagents had a positive effect at rates in the range of 3%–92%. In conclusion, these findings demonstrate that anaerobic gut fungus has very stable fibrolytic enzymes that need to be separated, as well and the existence of a unique resource for industrial applications.
AtıfScopus3WoS3OpenAlex4
İncele - MakaleAçık Erişim2022Enzymatic and Bibliometric Analysis of Bifidobacterium sp. of Probiotic Origin in The Based Digestive Tract of Honey Bees
Yazdıç, Fadime; Kar, Bülent; Karaman, Altuğ; Yücel, Halit; Ekinci, Kübra
Honey bees (Apis mellifera) are a unique super organism that produces products such as honey, pollen, royal jelly, propolis, beeswax and bee venom and serves as a vector for pollination of many natural and industriyal plants. The effect of intestinal microflora and, accordingly, the immune system come to the fore among the causes of colony losses that have occurred recently. The diversity and densities of bacteria in the digestive tube of bees are affected by their immune systems. In order for this effect to be positive, the intestinal microflora must be natural and balanced. The enzyme activity of the probiotic-derived Bifidobacterium sp., which has an important place among the bacterial populations in the intestine, has a critical effect on both other symbiont microorganisms and the nutrition of the host. Therefore, in this study, both glikozide hidrolase enzyme activity analysis and bibliometric analysis were performed to emphasize the importance of Bifidobacterium sp. Different pH, temperature and substrates were preferred to calculate the optimum enzyme activity. As a result of the analysis of the enzyme activity, the glycoside hydrolase activity (pH 5.0 and 30oC) of Bifidobacterium sp. was determined. Further use of inulin substrate has shown that it is a natural prebiotic source for this probiotic microorganism. At the same time, the hydrolysis of xylan, which is known as a new generation prebiotic source, has also taken place. For bibliometric analysis, correlation links in Web of Science and Scopus database were concluded with the help of VOS viewer software
AtıfOpenAlex2TR Dizin1İncele - Derleme MakaleYalnız künye2021Hydrogenosomes in the Anaerobic Fungi: Hydrogen-Producing Organelles
Yazdıç, Ferit Can; Yazdıç, Fadime; Kar, Bülent; Ozkose, Emin; Ekinci, Mehmet Sait
Fungi form a very diverse group in eukaryotes. Most of the fungi contain mitochondria and capable of oxidative phosphorylation. On the other hand, anaerobic Neocallimastigomycota fungi are in the gastrointestinal tract of many herbivorous mammals, they contain an organelle known as hydrogenosome instead of mitochondria. These organelles capable of being the key to adaptation to an anaerobic environment that is is unique. In this review, we wish to briefly summarize what is known about function, structure, biochemistry, genetics properties and inheritance of these important organelles.
AtıfTR Dizin4İncele - MakaleAçık Erişim2021Scopus SJRQ2The comparisons of fatty acid composition in some anaerobic gut fungi neocallimastix, orpinomyces, piromyces, and caecomyces
Kar, Bülent; Özköse, Emin; Ekinci, Mehmet Sait
The objective of this study were to identify the fatty acid composition for decanoic (C10:0), tridecanoic (C13:0), myristic (C14:0), pentadecanoic (C15:0), palmitic (C16:0), stearic (C18:0), oleic (C18:1n9c), linoleic (C18:2n6c), arachidic (C20:0), arachidonic (C20:4n6), heneicosanoic (C21:0), erucic (C22:1n9) and Cis-4,7,10,13,16,19-docosahexaenoic (C22:6n3) acids by Neocallimastix, Orpinomyces, Caecomyces and Piromyces species of rumen fungus during in vitro culture. Fatty acid (FA) profile of anaerobic fungi comprises carbon chains of length ranging from 10 to 22 were analyzed as methyl esters. Analysis of fatty acids was performed using Gas Chromatography-Mass Spectrophotometer (GC-MS). FA measures are presented as proportions of relative amounts (% total fatty acid). The highest amounts of fatty acids for all samples were found as myristic (C14:0) acid. The tridecanoic (C13:0) acid represented the second abundant FA in the fungi in all experimental groups. Stearic acid (C18:0) was the third major fatty acid for isolates investigated in the current study. In addition, another fatty acid was palmitic (C16:0) acid with relative amount representing >20% of total FA in all samples. Pentadecanoic (C15:0) acid could not be found in any other samples except Orpinomyces sp. (GMLF5). It is concluded that biohydrogenation of fatty acid composition by anaerobic gut fungi are very variable.
AtıfScopus5WoS3OpenAlex5İncele - MakaleAçık Erişim2020SARS CoV-2 nsp1 Mutasyonlarının Protein Yapıda Ortaya Çıkardığı Değişimler
Akbulut, Ekrem; Kar, Bülent
Şiddetli akut solunum yolu sendromu koronavirüsü 2 (SARS CoV-2) pozitif polariteli ve tek iplikli bir RNA virüsüdür. Virüsün sebep olduğu COVID19 hastalığı on ay gibi kısa bir sürede 900 binden fazla insanın ölümüne neden oldu. Virüs ile mücadelede etkin ve spesifik bir ilaç ve aşı henüz bulunmamaktadır. İlaç ve aşı geliştirme çalışmaları virüsün yapısal ve fonksiyonel özelliklerinin kapsamlı bir şekilde anlaşılmasını gerekli kılmaktadır. Hızlı yayılım gösteren virüsün yüksek mutasyon hızı geliştirilecek aşı ve ilaçların etkinliklerini sürdürebilmelerinin önündeki en büyük engellerden biridir. Hücresel boyutta viral enfeksiyonun başlangıcında yer alan SARS CoV-2 yapısal olmayan protein 1 (nsp1) önleyici tedavi için potansiyel hedef proteindir. Konak hücre translasyonunu engelleyen nsp1’in yapısının bilinmesi önemlidir. Bu çalışmada 222 Avrupa izolatında görülen nsp1 mutasyonlarının protein yapıda ortaya çıkarabileceği değişimler yapay zekâ tabanlı bir modelleme yazılımı olan trRosetta kullanılarak modellenmiştir. NCBI Virüs veritabanından elde edilen dizi bilgileri MAFFT çoklu dizi hizalama programı ile hizalanmıştır. Mutasyon analizleri RDP4 yazılımı ile yapılmıştır. Mutant protein primer yapı MegaX yazılımı ile oluşturulmuştur. Protein kalite skorları QMEAN algoritması kullanılarak analiz edilmiştir. Proteinleri fizikokimyasla özellikleri ProtParam ExPAsy programı ile yapılmıştır. Elde edilen protein yapıların konformasyonel analizleri PyMOL ile yapılmıştır. SARS CoV-2 Avrupa izolatlarında görülen nsp1 mutasyonlarının protein sekonder ve tersiyer yapısında konformasyonel ve topolojik değişimlere neden olabileceği tespit edilmiştir. SARS CoV-2 katalitik bölgeyi içine alan P153 ve N178 rezidüleri arasında kalan bölgede görülen değişimin proteinin fonksiyonel özelliklerini etkileyebileceği düşünülmektedir. Elde edilen verilerin önleyici ve tedavi edici yaklaşımlara önemli veriler sunabileceği düşünülmektedir.
AtıfOpenAlex1TR Dizin2İncele - MakaleYalnız künye2015Anaerobik Rumen Fungus İzolelerinin Rastgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA (RAPD) Metodu ile Filogenetik Analizi
Özköse, Emin; Ekinci, Mehmet Sait; Çömlekçioğlu, Uğur; Akyol, Ismail; Kar, Bülent
Bu çalışmada farklı cinslere ait anerobik rumen fungus izolatları arasındaki ilişkinin ortaya konması amacıyla filogenetik analiz, yapılmıştır. Türkiye'nin farklı coğrafi bölgelerinden izole edilen onsekiz fungus kültürü Rastgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA (RAPD) tekniği ile analiz edilmiştir. İzole edilen onsekiz fungus kültürüne 10 baz uzunluğundaki primerler kullanılarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) uygulanmıştır. Toplam olarak 64 markır bandı gözlemlenmiş ve bu bantların %92.18'inin polimorfik olduğu saptanmıştır. Çoğaltılan DNA büyüklükleri 100 bç ile 700 bç arasında değişmektedir. Fungusları birbirinden ayrıt etmek için önemli derecede polimorfizim gözlemlenmiş ve izole edilen 18 fungusun tamamı açık bir şekilde birbirinden ayrılmıştır
AtıfTR Dizin2İncele