Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları
Yazarlar
- Gedik, Osman(2)
- Kar, Bülent(2)
- Karaman, Altuğ(2)
- Kurşat, Murat(2)
- Süer, Ceren Sel(2)
- Tasar, Neslihan(2)
- Topal, E.Işıl Arslan(2)
- Topal, Murat(2)
- Toraman, Zülal Aşçı(2)
- Öbek, Erdal(2)
- Akbulut, Ekrem(1)
- Civelek, Şemsettin(1)
- Ekinci, Kübra(1)
- Emre, Irfan(1)
- Emre, Mustafa Yunus(1)
- Kirbag, Sevda(1)
- Sönmez, Pınar Erecevıt(1)
- Yazdıç, Fadime(1)
- Yazdıç, Ferit Can(1)
- Yilmaz(1)
- Yücel, Halit(1)
- Yılmaz, Okkes(1)
- Ökkeş(1)
Yayınlar
- MakaleAçık Erişim2023Antimicrobial Activity of Essential Oils of Foeniculum vulgare Mill and Pimpinella anisum L (Apiaceae) Species
Gedik, Osman; Yazdıç, Ferit Can; Tasar, Neslihan; Karaman, Altuğ
Today, essential oils are considered safe substances and can be used as antibacterial additives. Pimpinella anisum L. (Aniseed) and Foeniculum vulgare Mill. var. dulce (fennel) species are of great economic importance. It is among the medicinal and aromatic plants cultivated in wide areas in our country. In this study, it was aimed to determine the antimicrobial properties of essential oils obtained from Foeniculum vulgare Mill. and Pimpinella anisum L plants. The essential oils of the species were obtained by using the distillation method. The antimicrobial activities of essential oils by hand were studied using the hollow agar method. Known to be medically important in food, cosmetics and pharmaceutical products Enterobacter aerogenes (ATCC 13048), Enterococcus faecalis (ATCC 29212), Salmonella enteritidis (ATCC 13075), Staphylococcus aureus subsp. aureus (ATCC 25923), Escherichia coli (ATCC 25922) and Serratia marcescens (ATCC 13880) evaluated against pathogen and microbial contaminants. While Foeniculum vulgare showed results parallel to the antibiotic used as standard, no antibacterial activity was observed in Pimpinella anisum L.
AtıfOpenAlex2TR Dizin2
İncele - MakaleAçık Erişim2023The Antioxidant Capacities and Antimicrobial Activities of Some Salvia L. Seeds
Ökkeş; Yılmaz, Okkes; Yilmaz; Kurşat, Murat; Kirbag, Sevda; Civelek, Şemsettin; Emre, Irfan; Sönmez, Pınar Erecevıt; Emre, Mustafa Yunus
The goal of present study is to find the penolic contents, antioxidant activities and antimicrobial capacities in the seeds of five Salvia L. taxa two of which are endemics (Salvia euphratica var. leiocalycina and Salvia euphratica var. euphratica). The flavonoid and phenolic acid are determined by using HPLC while the antioxidant activities are determined based on different methods. Also, the antimicrobial activities of some Salvia species are determined by using the well agar method. The current study found that the studied Salvia species have low flavonoid. It has been found that Salvia euphratica var. euphratica has high vanillic acid, ferulic acid and rosmarinic acid among the studied taxa. Similarly, it has been found that Salvia euphratica var. euphratica has high DPPH and ABTS radical scavening capacity in all concentrations. It has been also found that Salvia euphratica var. euphratica has highest total phenolic content (372,63±0,87 µgGAE/mg) whilst Salvia tricholoda has low total phenolic content (46,41±1,71 µgGAE/mg). In addition, this study demonstrated that Salvia tricholoda has lowest metal chelating activity (37,35±0,51%). Furthermore, present study found that the lipid peroxidation levels of the studied Salvia taxa are between 18,21±0,37 mg/kg and 21,03±0,22 mg/kg while it has been found that the antibacterial properties of the Salvia taxa under study are altering.
AtıfOpenAlex1TR Dizin1İncele - MakaleAçık Erişim2022Tunceli biyolojik atıksu arıtma tesisinde gastrointestinal patojenlerin belirlenmesi
Topal, Murat; Topal, E.Işıl Arslan; Toraman, Zülal Aşçı; Süer, Ceren Sel; Öbek, Erdal
Bu çalışmada, Tunceli ili biyolojik atıksu arıtma tesisinde (TBAAT) gastrointestinal patojenler (bakteriyel gastroenterit, viral gastroenterit, enterovirüsler, insan parekovirüsleri, adenovirüsler, dışkı parazitleri) incelenmiştir. TBAAT 'nin giriş ve çıkış suyunda gastrointestinal patojen analizleri yapılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre TBAAT 'nin giriş suyunda enterohemorajik/verotoksin üreten Esherichia coli, salmonella, norovirüsler G1, norovirüsler G2, astrovirüsler, adenovirüsler ve Giardia lamblia ajanları tespit edilmiştir. Bu ajanlar TBAAT 'nin giriş suyunda mevcut olmasına rağmen, TBAAT 'nin çıkış suyunda gastroenterite sebep bakteriyel etkenler, enterovirüsler, parekovirüsler, adenovirüsler (EPA) ve dışkı parazitleri tespit edilmemiştir. TBAAT çıkış suyunda viral ajanlardan olan norovirüsler G2, astrovirüsler ve adenovirüsler pozitif (+) olarak tespit edilmiştir.
- MakaleAçık Erişim2022Enzymatic and Bibliometric Analysis of Bifidobacterium sp. of Probiotic Origin in The Based Digestive Tract of Honey Bees
Yazdıç, Fadime; Kar, Bülent; Karaman, Altuğ; Yücel, Halit; Ekinci, Kübra
Honey bees (Apis mellifera) are a unique super organism that produces products such as honey, pollen, royal jelly, propolis, beeswax and bee venom and serves as a vector for pollination of many natural and industriyal plants. The effect of intestinal microflora and, accordingly, the immune system come to the fore among the causes of colony losses that have occurred recently. The diversity and densities of bacteria in the digestive tube of bees are affected by their immune systems. In order for this effect to be positive, the intestinal microflora must be natural and balanced. The enzyme activity of the probiotic-derived Bifidobacterium sp., which has an important place among the bacterial populations in the intestine, has a critical effect on both other symbiont microorganisms and the nutrition of the host. Therefore, in this study, both glikozide hidrolase enzyme activity analysis and bibliometric analysis were performed to emphasize the importance of Bifidobacterium sp. Different pH, temperature and substrates were preferred to calculate the optimum enzyme activity. As a result of the analysis of the enzyme activity, the glycoside hydrolase activity (pH 5.0 and 30oC) of Bifidobacterium sp. was determined. Further use of inulin substrate has shown that it is a natural prebiotic source for this probiotic microorganism. At the same time, the hydrolysis of xylan, which is known as a new generation prebiotic source, has also taken place. For bibliometric analysis, correlation links in Web of Science and Scopus database were concluded with the help of VOS viewer software
AtıfOpenAlex2TR Dizin1İncele - MakaleAçık Erişim2022Türkiye’ de Yayılış Gösteren Hypericum L. Cinsine Ait 3 Taksonun Uçucu Yağ Bileşenleri
Gedik, Osman; Kurşat, Murat; Tasar, Neslihan
Bu çalışmada ülkemizin biyolojik zenginliklerinin önemli bir parçası olan ve doğal habitatlarından toplanan Hypericum L. cinsine ait Hypericum uniglandosum Hausskn. ex Bornm., Hypericum microcalycinum Boiss. & Heldr. ve Hypericum scabroides N. Robson & Poulter türleri uçucu yağ bileşenleri yönünden araştırılmıştır. Bu türlerden Hypericum uniglandosum ve Hypericum scabroides türleri endemik türdür. Çalışmada kullanılan bitkiler temmuz- ağustos ayında çiçekli dönemde iken toplanarak uçucu yağ bileşenleri yönünden araştırılmıştır. Analiz sonuçlarına göre 14 farklı bileşen tespit edilmiştir. Bitki örnekleri ile yapılan analiz sonuçlarına göre en çok bulunan bileşen; H. uniglandosum’ da; % 90.25, H. microcalycinum’ da; % 91.46 ve H. scabroides’te; % 91.77 olarak alpha-pinene olmuştur. Bu bileşenden başka değişik oranlar olmakla birlikte beta-pinene, beta-myrcene, limonene, cymene gibi çeşitli bileşenler de analiz sonuçlarına göre rapor edilmiştir. Çalışma materyalimizi oluşturan bitkiler üzerinde farklı oranlarda, farklı bileşenler tespit edilmiştir. Ayrıca çalışmamızı oluşturan H. uniglandosum ve H. scabroides türleri endemik tür olduğu için uçucu yağ analizlerinin belirlenmesinin önem arz ettiği düşünülmektedir.
- MakaleAçık Erişim2021Türkiye'de Kentsel Bir Atıksu Arıtma Tesisinde SARS-CoV-2 ve Gastrointestinal Patojenlerin Araştırılması
Topal, Murat; Topal, E.Işıl Arslan; Toraman, Zülal Aşçı; Süer, Ceren Sel; Öbek, Erdal
Bu çalışmada, Elazığ'da (Türkiye) bir kentsel atıksu arıtma tesisinde (AAT) SARS-CoV-2 ve gastrointestinal patojenler araştırılmıştır. Gastrointestinal patojen analizleri AAT giriş ve çıkış sularında, SARS-CoV-2 analizleri ise arıtma tesisinin farklı ünitelerinde yapılmıştır. Elde edilen analiz sonuçlarına göre AAT’nin girişinde gastrointestinal patojenler (bakteriyel, viral, EPA ve dışkı parazitleri) tespit edilmiştir. AAT'nin atıksularında enterohemorragik / verotoksin üreten Esherichia coli, gastroenterite neden olan tüm viral ajanlar (sapovirüsler (Sapo) hariç), insan parekovirüs (HPeV) ve EPA'dan adenovirüsler ve dışkı parazitlerinden Giardia lamblia tespit edilmiştir. AAT çıkışında gastroenterite neden olan bakteriyel ajanlar, viral ajanlar, EPA ve dışkı parazitleri incelendiğinde 7'de sadece 1, 6'da 4, 3'te 2 ve 3'te 1 ajan pozitif (+) olarak tespit edilmiştir. Atık su arıtma tesisinin her bir ünitesinden alınan numunelerde SARS-CoV-2 tespit edilememiştir. Sonuç olarak, araştırma bulgularına göre, atık su arıtma tesisi atık sularında patojenlerle karşılaşıldığından, çevre ve insan sağlığını korumak için arıtma tesislerinde dezenfeksiyon sistemine sahip olmak ve patojenleri ve SARS-CoV-2'yi sürekli izlemek gerekmektedir.
AtıfOpenAlex2TR Dizin1İncele - MakaleAçık Erişim2020SARS CoV-2 nsp1 Mutasyonlarının Protein Yapıda Ortaya Çıkardığı Değişimler
Akbulut, Ekrem; Kar, Bülent
Şiddetli akut solunum yolu sendromu koronavirüsü 2 (SARS CoV-2) pozitif polariteli ve tek iplikli bir RNA virüsüdür. Virüsün sebep olduğu COVID19 hastalığı on ay gibi kısa bir sürede 900 binden fazla insanın ölümüne neden oldu. Virüs ile mücadelede etkin ve spesifik bir ilaç ve aşı henüz bulunmamaktadır. İlaç ve aşı geliştirme çalışmaları virüsün yapısal ve fonksiyonel özelliklerinin kapsamlı bir şekilde anlaşılmasını gerekli kılmaktadır. Hızlı yayılım gösteren virüsün yüksek mutasyon hızı geliştirilecek aşı ve ilaçların etkinliklerini sürdürebilmelerinin önündeki en büyük engellerden biridir. Hücresel boyutta viral enfeksiyonun başlangıcında yer alan SARS CoV-2 yapısal olmayan protein 1 (nsp1) önleyici tedavi için potansiyel hedef proteindir. Konak hücre translasyonunu engelleyen nsp1’in yapısının bilinmesi önemlidir. Bu çalışmada 222 Avrupa izolatında görülen nsp1 mutasyonlarının protein yapıda ortaya çıkarabileceği değişimler yapay zekâ tabanlı bir modelleme yazılımı olan trRosetta kullanılarak modellenmiştir. NCBI Virüs veritabanından elde edilen dizi bilgileri MAFFT çoklu dizi hizalama programı ile hizalanmıştır. Mutasyon analizleri RDP4 yazılımı ile yapılmıştır. Mutant protein primer yapı MegaX yazılımı ile oluşturulmuştur. Protein kalite skorları QMEAN algoritması kullanılarak analiz edilmiştir. Proteinleri fizikokimyasla özellikleri ProtParam ExPAsy programı ile yapılmıştır. Elde edilen protein yapıların konformasyonel analizleri PyMOL ile yapılmıştır. SARS CoV-2 Avrupa izolatlarında görülen nsp1 mutasyonlarının protein sekonder ve tersiyer yapısında konformasyonel ve topolojik değişimlere neden olabileceği tespit edilmiştir. SARS CoV-2 katalitik bölgeyi içine alan P153 ve N178 rezidüleri arasında kalan bölgede görülen değişimin proteinin fonksiyonel özelliklerini etkileyebileceği düşünülmektedir. Elde edilen verilerin önleyici ve tedavi edici yaklaşımlara önemli veriler sunabileceği düşünülmektedir.
AtıfOpenAlex1TR Dizin2İncele